Der ideelle Grundstein des Interlakner Höhlenvereins wurde nach dem Zweiten Weltkrieg gelegt, als der Lehrer Franz Knuchel zusammen mit weiteren interessierten Personen die Erforschung des Hälilochs am Beatenberg in Angriff nahm. Aus einem als kurzes Abenteuer geplanten Einzelunternehmen entstand rasch ein Team, das sich allgemein der Erforschung lokaler Höhlen verschrieb. 1952 wurde diese Gemeinschaft als Sektion Interlaken in die Schweizerische Gesellschaft für Höhlenforschung SGH aufgenommen.
Mehrheitlich unter der Leitung von Franz Knuchel folgten über 20 Jahre verschiedenste Forschungsarbeiten, die sich vom Beatenberg bis zu den Sieben Hengsten und ins Hohgantgebiet ausdehnten. 1970 erfolgte eine aufsehenerregende grosse Wasserfärbung, mit der erstmals der hydrologische Zusammenhang zwischen der Schrattenfluh und dem Thunersee nachgewiesen werden konnte. In den 70er-Jahren rückte zudem die «Operation Bärenschacht» das öffentliche Interesse auf die Höhlenforschung: Über eine spektakuläre Expedition in grosse Tiefe wurde mit Live-Schaltungen durch die BBC bis nach England berichtet.
Nach dem unerwarteten Tod von Franz Knuchel während eines nationalen Kongresses in der Region nahmen die Vereinsaktivitäten merklich ab und schliefen teilweise fast ein, bis 1985 eine neue aktive Generation für Wiederbelebung sorgte. Bald entstanden mit der Internationalen Speläologischen Arbeitsgruppe Alpiner Karst ISAAK und dem Verein für Höhlenforschung Berner Oberland VHBO weitere Organisationen, welche Arbeiten unter Tag vorantrieben und zu immer mehr Erkenntnissen beitrugen. Die nächste mitgliederbedingte Abflachung erfolgte um den Jahrtausendwechsel, so dass 2007 gar über eine Vereinsauflösung diskutiert wurde. Dank dem Übertreten einiger bei Bern aktiver Höhlenforscher zur Sektion Interlaken konnte nicht nur die langjährige Vereinsgeschichte fortgeschrieben werden – es startete eine weitere Periode aktiver Forschungstätigkeit, die bis heute anhält. Als einer der Vereinshöhepunkte wurde 2019 mit «Sinterlaken» zum dritten Mal ein nationaler Kongress im Berner Oberland organisiert.
Heute widmet sich die Sektion Interlaken in ihren Jahresprogrammen neben Vereinsausflügen im In- und Ausland verschiedenen Forschungsaktivitäten in Höhlen der Region und im Ausland. Dabei wird vermessen und dokumentiert, aber auch geforscht (vornehmlich in den Bereichen Hydrologie und Biospeläologie).